Jet Alsace possède son hub principal à l’aéroport de Strasbourg Entzheim, aéroport le plus proche d’un
centre-ville en France, relié toutes les 15mn par un train à la gare de Strasbourg en centre ville. Le trajet ne dure que 7mn et coûte 2,70€.
Jet Alsace possède depuis aout 2018 un second hub à l'Euroairport depuis lequel elle opère principalement des
vols long-courriers. Cet aéroport tri-national dessert les villes de Mulhouse, Bâle et Fribourg. L'aéroport est situé à proximité de la ville.